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Bei dem geplanten 20-Minuten-Takt werden die Schranken an den Bahnübergängen sechsmal pro Stunde geschlossen sein. Dies führt zu Stillstand und Rückstau an den Bahnübergängen.
Dies ist insbesondere bei stark belasteten Straßen ein Problem, da hier mit besonders langem Rückstau zu rechnen ist. Als stark belastet gelten Straßen mit einem DTV-Wert von mehr als 2.500 Kraftfahrzeugen pro Tag.
(DTV = Durchschnittliche tägliche Verkehrsstärke)
Die Verkehrsbelastung mit PKW an den Bahnübergängen der WLE-Strecke in Münster stellt sich wie folgt dar:
| Bahnübergang | DTV | Quelle |
| Lippstädter Straße | 7.700 | Stadt Münster, 2011 |
| Heumannsweg | 8.800 | Stadt Münster, 2016 |
| Erbdrostenweg | 3.300 | Stadt Münster, 2016 |
| Gremmendorfer Weg | 5257 / 9000 | Straßen.NRW / Stadt Münster, 2016 |
| Twenhövenweg | > 2500 | Schätzung |
| Hiltruper Straße | 7.600 | Stadt Münster, 2010 |
Anders als bei anderen Reaktivierungsbemühungen gibt es bisher noch keine verkehrstechnische Untersuchung, welche die Auswirkungen der Reaktivierung auf den Verkehrsfluss des Straßenverkehrs untersucht!
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Die Bahnübergänge sind stark belastet, da mit einem Betriebsprogramm von über 100 Zügen je Tag geplant wird und viele Straßen einen DTV-Wert von über 2.500 aufweisen. Als Gründe für eine Beseitigungspflicht höhengleicher Kreuzungen nennen die Richtlinien der Deutschen Bahn eine höhere Belastung durch eine höhere zulässige Streckengeschwindigkeit oder die Einführung eines S-Bahn-Betriebes. In der Rechtsprechung werden bereits 36 planmäßige Züge pro Tag als Grund für eine Verpflichtung zur Beseitigung von bereits bestehenden plangleichen Bahnübergängen genannt.
Stehen Änderungen einer Kreuzung an, so sind vom betroffenen Straßenbaulastträger die Forderungen, die sich aus den Vorschriften ergeben, bei den Baumaßnahmen einzubringen. Unter normalen Bedingungen ist es so, dass der oder die jeweiligen Straßenbaulastträger ihrer Verpflichtung nach §3 EKrG nachkommen.
Da hier jedoch durch die Beteiligung der Stadt Münster und anderer Kommunen an der WLE ein Interessenkonflikt vorliegt und daher der politische Wille zu einer möglichst kostengünstigen Reaktivierung des Personenverkehrs besteht, ist zu befürchten, dass eben dieser Verpflichtung nicht nachgekommen wird.
Die Stadt Münster ist daran interessiert, für eine günstige Wirtschaftlichkeitsberechnung zur Fördermittelgewährung durch das Land die Infrastrukturkosten möglichst gering ausfallen zu lassen. Dies darf jedoch nicht bedeuten, dass die Planung der Trasse in der preiswertesten Variante und nicht in der sicherheits- und verkehrstechnisch gebotenen Ausführung erfolgt.
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Widersprüchliche Angaben bei Schrankenschließzeiten
Unsere Lokalpolitiker beteuern, dass die Schrankenschließzeiten der Bahnübergänge mit Ampelphasen vergleichbar seien und kolportieren Werte von „etwa 25 bis 35 Sekunden“. Die WLE machte hierzu trotz angeblich abgeschlossener Planung Angaben, die sich erheblich unterscheiden. Im Februar 2018 wurden unter „zuegig-wle.de“ 45–60 Sekunden genannt. Am 15.11.2018 wurde im Rahmen der frühzeitigen Öffentlichkeitsbeteiligung auf dem „Informationsmarkt“ in Wolbeck 35–60 Sekunden und am gleichen Tag 35–80 Sekunden auf der Internetseite „zuegig-wle.de“ genannt.
Alles Kleinkram? Mitnichten: 20 Sekunden mehr bedeuten bei 100 Zügen, dass ein Bahnübergang über 30 Minuten länger am Tag geschlossen ist.
Nun soll Mehrheit der Bahnübergänge geschlossen werden
Im Falle der Reaktivierung müsste jeder Bahnübergang technisch gesichert werden, was teuer wird. Zwischen Sendenhorst und Münster gibt es auf der WLE-Trasse derzeit 52 Bahnübergänge, von denen nun 28 geschlossen werden sollen (Stand 15.11.2018). Dadurch unterbrochene Wegeverbindungen würden ersatzweise durch neue bahnparallele Seitenwege erschlossen, die zu einem zentralen verbleibenden Bahnübergang führen. Zwei Bahnübergänge sollen neu geschaffen werden. Die Verkehrsbelastung und damit die Staugefahr an den verbleibenden 26 Bahnübergängen dürfte sich damit noch einmal deutlich erhöhen. Im Verlauf der Planung stieg die Anzahl der zu schließenden Bahnübergänge. In Rahmen der Vorentwurfsplanung ging man im BÜ-Konzept aus 2014 noch von 23 zu schließenden Bahnübergängen aus.